ঠাকুরগাঁও এর নদ-নদীগুলো নাগর ধরনের। টাঙ্গন, কুলিক ও নাগর নদী বিধৌত এ জনপদের নদীসমূহ সাধারণত উত্তর থেকে দক্ষিণ দিকে প্রবাহমান। সারা বছর না হলেও বর্ষাকালে নদীগুলো যৌবন ফিরে পায়। প্রবল বন্যা সচরাচর দেখা যায় না। তবে অঞ্চল বিশেষে অতি বর্ষায় বন্যা হয়ে থাকে। পীরগঞ্জ, হরিপুর ও ঠাকুরগাঁও সদর উপজেলায় নিম্ন জলাশয় রয়েছে। তবে শুষ্ক মৌসুমে এগুলো সম্পূর্ণ শুকনো থাকে। পলি জমে নদীর গতিপথ সমূহ ধীরে ধীরে সংকুচিত হয়ে পড়ছে। এ এলাকায় নদ-নদী ছাড়াও অনেকগুলো খাল-বিল রয়েছে। বর্ষা মৌসুমে খাল-বিলে যথেষ্ট পানি থাকে। তবে শুষ্ক মৌসুমে অধিকাংশ খালই শুকিয়ে যায়। শুধুমাত্র বড় বিলগুলোর কিছু অংশ জুরে পানি থাকে।
হরিপুর উপজেলার অন্যতম নদী নাগর নদী। নাগর নদী ভারত হতে উৎপন্ন হয়ে পঞ্চগড় জেলা দিয়ে বাংলাদেশে প্রবেশ করেছে এবং পঞ্চগড়ের আটোয়ারী উপজেলা থেকে বালিয়াডাঙ্গী উপজেলায় প্রবেশ করে ঠাকুরগাঁও এর পশ্চিম সীমান্ত দিয়ে প্রবাহিত হয়ে অবশেষে হরিপুর উপজেলা হয়ে পুনরায় ভারতে প্রবেশ করেছে। তীরনই নদী এবং নোনা খাল, যমুনা খাল ও জালুই খাল নামে কিছু উল্লেখযোগ্য খাল এই নদীতে মিশেছে। এদের মিলিত স্রোতধারা জেলার পশ্চিম অংশ দিয়ে প্রবাহিত হয়ে থাকে।